针对填料保留机理的不同(填料保留目标化合物或保留杂质)，操作稍有不同。
固相萃取操作一般有四步
一、填料保留目标化合物
1、活化----除去小柱内的杂质并创造一定的溶剂环境。
2、上样----将样品用一定的溶剂溶解，转移入柱并使组分保留在柱上。
3、淋洗----除去干扰物。
4、洗脱----用小体积的溶剂将被测物质洗脱下来并收集。
二、填料保留杂质
固相萃取操作一般有三步
1、活化--除去柱子内的杂质并创造一定的溶剂环境。
2、上样--将样品转移入柱，此时大部分目标化合物会随样品基液流出，杂质被保留在柱上，
故此步骤要开始收集
3、洗脱---用小体积的溶剂将组分淋洗下来并收集，合并收集液。
此种情况多用于食品或农残分析中去除色素。
一、固相萃取装置采用哪种上样方式适合?
目前市面上常用正压上样和负压上样两种方式萃取，但负压上样因不能有效控制流速而造成回收率不稳定和仪器重复性差等原因，所以主流厂家一般采用正压上样方式，全自动固相萃取仪采用高精度注射泵正压上样洗脱样品，更加准确地控制液体流速，从而显著提高了仪器重复性并确保了样品回收率。
二、样品处理速度有什么要求?
单个样品的固相萃取循环一般为20分钟左右，一般厂家的固相萃取仪都差不多。所以，一般来说，仪器同步处理的样品数越多，处理速度就越快。全自动固相萃取采用6通道+3种模式灵活萃取，提高了样品处理速度。
三、能否有效避免萃取过程中流路的堵塞?
应用过程中常遇到的问题：流路堵塞造成仪器故障。
在发生柱堵塞时，大部分不能自动检测，使样品和溶剂泄露，造成严重损失和交叉污染。流路内置高灵敏压力传感器，当流路压力>0.6Mpa时，系统会自动报警，从而有效?；ぷ爸?。
四、能否对交叉污染进行有效控制?
样品和溶剂使用同一管路，易造成污染，尤其是无清洗功能的仪器，短时间内，管路就会残留多种化合物，这是造成很多实验失败的根本原因。采用流路分离单元自动选择溶剂，有机溶剂废液有独立的废液通道，有效避免交叉污染。
